Missing coverage evidence...
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CCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAG  >  minE/2640158‑2640219                                                              | cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGTGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:476/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:811491/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:658926/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:669425/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:677221/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:679883/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:704169/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:721761/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:741183/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:745816/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:791658/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:616798/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:822893/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:837669/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:860638/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:863442/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:912673/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:917057/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:922477/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:933321/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:957262/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:981173/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:123640/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:102345/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:1034596/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:1064358/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:1085028/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:1105942/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:1124184/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:1141208/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:1145194/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:116465/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:1018408/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:19442/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:195136/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:213445/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:292839/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:317585/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:358261/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:413203/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:554262/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:593490/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAg  >  1:604363/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGACGACAAACGGCAGGAg  >  1:966609/1‑62 (MQ=255)                                                              | CCCGGCTGGTTAGGGTTGTTCAGAGTATTAATGGGCTGTGCAAAGCCGACAAACGGCAGGAG  >  minE/2640158‑2640219

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑