Missing coverage evidence...
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AGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATGG  >  minE/2667911‑2667970                                                            | aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCCCGGTATgg  >  1:1082112/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:73122/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:1016671/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:395786/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:45458/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:510065/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:514204/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:599323/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:633979/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:707618/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:328911/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:767917/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:828584/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:887956/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:958625/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:983219/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:988127/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:15638/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:1028459/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:1055629/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:1062674/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:1091898/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:109259/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:1131209/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:117165/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:285410/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:159031/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:203918/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:208226/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:24614/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:246855/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:252460/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAAGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:643114/1‑60 (MQ=255) aGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCAAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATgg  >  1:8441/1‑60 (MQ=255)                                                            | AGCCGGAAGTTGTTCGCGCCGGAAAGTTTAGCCAGCAGGCGCTCACGAACCACGGTATGG  >  minE/2667911‑2667970

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑