Missing coverage evidence...
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CAGCGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTGCG  >  minE/2686304‑2686364                                                             | cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:729130/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:1009146/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:578952/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:58615/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:598136/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:608952/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:644272/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:650337/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:65384/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:669541/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:686536/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:697863/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:51142/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:771778/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:839184/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:850074/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:91648/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:925485/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:956810/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:961834/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:970784/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:996094/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:997706/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:280651/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:105088/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:1066243/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:1071255/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:1129527/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:1132200/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:162840/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:276703/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:278845/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:506427/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:29320/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:322912/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:334118/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:3521/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:360621/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:378829/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:418189/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:42234/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:424072/61‑1 (MQ=255) cagcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:491072/61‑1 (MQ=255)  tgcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:118054/59‑1 (MQ=255)  agcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:900069/60‑1 (MQ=255)  agcGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:1190416/60‑1 (MQ=255)                       gcCTGGTTCCAGGTGGATGATGACGGTCCGGGAATTgcg  <  1:53471/39‑1 (MQ=255)                                                             | CAGCGGAACGGAGCCGAATCGCGCCTGGTTCCAGGTGGAAGATGACGGTCCGGGAATTGCG  >  minE/2686304‑2686364

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑