Missing coverage evidence...
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TTTTTACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTGG  >  minE/311344‑311405                                                              | tttttACCTTCCCCGTTATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:1119348/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:851156/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:614111/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:632932/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:642343/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:672418/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:707993/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:769244/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:829269/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:839311/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:839788/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:843235/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:1030456/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:859881/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:867478/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:886771/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:910308/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:924652/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:934866/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:970875/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:971442/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:583111/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:1038503/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:1038720/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:1043017/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:1083697/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:1097540/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:114408/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:1146241/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:291740/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:293852/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:34584/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:359714/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:363054/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:364442/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:482172/62‑1 (MQ=255) tttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:488175/62‑1 (MQ=255) ttttcACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:598869/62‑1 (MQ=255)  ttttACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:1034187/61‑1 (MQ=255)                           ggCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTgg  <  1:1012345/36‑1 (MQ=255)                                                              | TTTTTACCTTCCCCGTGATCGCCTTTGGCAATCGGTTTCAGCATGGTGGCACAAAGAGCTGG  >  minE/311344‑311405

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑