Missing coverage evidence...
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CCCGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGC  >  minE/378916‑378956                                         | cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:325044/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:956321/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:927103/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:862332/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:825679/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:744878/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:741439/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:629781/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:584473/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:332253/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:1101361/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:279061/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:24333/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:178218/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:120153/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:1199024/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:1156173/41‑1 (MQ=255) cccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:1112431/41‑1 (MQ=255)  ccGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGc  <  1:187812/40‑1 (MQ=255)                                         | CCCGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGC  >  minE/378916‑378956

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑