Missing coverage evidence...
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GCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCA  >  minE/383347‑383407                                                             | gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:797051/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:563000/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:591691/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:596151/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:64153/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:674843/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:726835/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:741145/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:745698/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:756374/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:561393/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:826832/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:828094/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:869116/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:899797/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:912119/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:917827/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:934107/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:987144/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:415371/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:1182515/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:1189584/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:1200273/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:201130/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:248130/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:315027/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:388649/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:396457/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:4031/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:1073734/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:468536/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:479233/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:481897/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:48882/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:495156/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:502954/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:539922/1‑61 (MQ=255) gcgcgcTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa  >  1:549627/1‑61 (MQ=255)                                                             | GCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCA  >  minE/383347‑383407

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑