Missing coverage evidence...
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ATGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGC  >  minE/388373‑388434                                                              | aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1025135/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:92848/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:867557/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:845260/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:82631/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:701828/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:700149/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:691513/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:537599/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:521098/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:427837/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:418243/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:34602/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:337513/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:302210/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:210919/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:203514/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:183903/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1200560/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1198392/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1179473/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1008214/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1067063/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1073249/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1153786/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1127439/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1122702/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1094373/62‑1 (MQ=255) aTGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1074938/62‑1 (MQ=255)  tgttgtgttgTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:237475/61‑1 (MQ=255)  tgttgtgttgTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:464316/61‑1 (MQ=255)            tCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:1173265/51‑1 (MQ=255)            tCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGc  <  1:508110/51‑1 (MQ=255)                                                              | ATGTTGTGTTGTCCTTATTGTTTTATTTAGACATCTAAACGTCTTGATTGCCAAATACTAGC  >  minE/388373‑388434

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑