Missing coverage evidence...
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AGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCG  >  minE/529993‑530054                                                              | aGACTTGCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:76143/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:717272/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:488007/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:1005302/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:502552/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:518481/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:522524/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:536943/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:598385/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:628598/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:637778/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:646810/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:490946/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:735178/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:759737/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:793722/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:829959/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:875413/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:906783/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:911840/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:956436/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:976808/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:27898/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:1023725/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:1063875/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:1135617/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:157699/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:225194/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:278177/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:426116/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:28706/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:29669/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:353746/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:355733/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:356298/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:391766/62‑1 (MQ=255) aGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGAAGTTGTTTGCCg  <  1:255444/62‑1 (MQ=255) aGACTTCAGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:1052892/62‑1 (MQ=255)  gACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:349563/61‑1 (MQ=255)  gACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:245332/61‑1 (MQ=255)  gACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:187473/61‑1 (MQ=255)  gACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:1054839/61‑1 (MQ=255)       ccGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGAGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:393973/56‑1 (MQ=255)                    gcgTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:638819/43‑1 (MQ=255)                            ctgctgCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:624920/35‑1 (MQ=255)                            ctgctgCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCg  <  1:548526/35‑1 (MQ=255)                                                              | AGACTTCCGCTTTAACCCCGCGTTGCGCTGCTGCCAGTAGTGCCGCATGCAGTTGTTTGCCG  >  minE/529993‑530054

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑