Missing coverage evidence...
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AGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCTT  >  minE/532339‑532400                                                              | aGTAATGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:759317/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:39622/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:969593/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:956480/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:783123/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:781001/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:681281/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:661385/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:63922/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:604891/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:545521/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:434254/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:421513/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:401442/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:1002186/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:376703/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:347210/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:223019/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:18226/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:1202910/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:1194136/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:1143228/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:1138145/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:1127649/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:1126742/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:1063972/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:1026308/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:1022327/62‑1 (MQ=255) aGTAAAGGCGCTGGCGCGGACAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:567547/62‑1 (MQ=255)  gTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCtt  <  1:1034243/61‑1 (MQ=255)                                                              | AGTAAAGGCGCTGGCGCGGGCAAAACGTTGGGTCAGCTCCACCGAATGCTCGCCGTTATCTT  >  minE/532339‑532400

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑