Missing coverage evidence...
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GAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCC  >  minE/606344‑606404                                                             | gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:47392/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:966972/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:927741/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:918790/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:880087/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:827924/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:802035/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:792286/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:787407/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:780456/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:722165/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:642569/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:607503/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:578900/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:544890/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:105621/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:466396/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:439751/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:389051/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:365324/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:342469/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:1112644/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:334919/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:270334/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:186283/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:180426/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:140094/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:1172215/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:1151660/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:1130892/61‑1 (MQ=255) gAACTTAACGTGGAGGTAAAATTAAGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:498791/61‑1 (MQ=255) gAACCTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:1090675/61‑1 (MQ=255)                   aaaTTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATcc  <  1:645678/43‑1 (MQ=255)                                                             | GAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCC  >  minE/606344‑606404

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑