Missing coverage evidence...
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AGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAC  >  minE/1070792‑1070853                                                              | agcaACCGTTATGCGCCACGTAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGTGTAAc  <  1:740728/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGATGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:1150076/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGTATGTGGTCGGGTAAc  <  1:1096810/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATTTGGTCGGGTAAc  <  1:544779/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:761888/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:534483/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:539304/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:548025/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:550938/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:659377/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:71125/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:720881/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:725495/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:516934/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:762926/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:819976/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:823438/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:824745/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:94518/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:973929/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:989484/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:18639/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:1022856/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:1029535/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:1079357/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:1083790/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:1119161/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:1177509/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:174813/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:1011296/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:231852/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:249715/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:265362/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:334229/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:362193/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:364908/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:402926/62‑1 (MQ=255) agcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGATTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:786789/62‑1 (MQ=255)  gcaACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:108985/61‑1 (MQ=255)                ccACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:224612/47‑1 (MQ=255)                         cACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAc  <  1:649511/38‑1 (MQ=255)                                                              | AGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAAC  >  minE/1070792‑1070853

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑