Missing coverage evidence...
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AATCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCAAA  >  minE/1077693‑1077754                                                              | aaTCCGCAAACTTCATGTACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:56407/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:685932/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:1011027/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:517966/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:520949/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:543045/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:623625/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:625673/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:632248/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:647089/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:649550/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:678202/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:514508/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:749642/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:765812/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:786378/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:861544/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:919565/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:927224/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:933117/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:95218/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:957923/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:991244/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:253400/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:1025522/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:1027023/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:1031540/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:1035802/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:1050727/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:1052325/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:1067861/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:150865/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:172697/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:17677/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:177578/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:259636/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:304981/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:345412/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:347747/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:412374/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:428945/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:430518/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:444568/62‑1 (MQ=255) aaTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:448953/62‑1 (MQ=255)  aTCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:630209/61‑1 (MQ=255)       cAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCaaa  <  1:504761/56‑1 (MQ=255)                   aCCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTTCGCCCACCATCGCaaa  <  1:61062/44‑1 (MQ=255)                                                              | AATCCGCAAACTTCATGCACCGCAACCAGACTTTTAACCGCAGTTGCGCCCACCATCGCAAA  >  minE/1077693‑1077754

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑