Missing coverage evidence...
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CTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCAC  >  minE/1128160‑1128221                                                              | cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:455964/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:947067/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:907521/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:817111/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:79089/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:71281/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:710515/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:694907/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:66361/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:617140/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:574453/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:565705/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:557884/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:462178/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:461145/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:1019399/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:381914/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:358166/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:338446/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:177369/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:162449/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:138783/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:136046/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:1151289/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:1130385/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:112031/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:1100228/62‑1 (MQ=255) cTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:1051072/62‑1 (MQ=255)  tGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:495822/61‑1 (MQ=255)  tGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:336801/61‑1 (MQ=255)                  tACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTcac  <  1:444998/45‑1 (MQ=255)                                                              | CTGATCTCGACTAAGTCTACTCCGGCTTCTTCTGCTTTCTCCAGAGCTTCTCTCAGACTCAC  >  minE/1128160‑1128221

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑