Missing coverage evidence...
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GCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAA  >  minE/1189565‑1189621                                                         | gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:849932/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:55235/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:556253/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:597077/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:642023/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:661953/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:679905/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:73125/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:83918/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:542286/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:87353/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:901127/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:91772/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:961929/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:973565/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:98067/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:980823/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:537296/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:528815/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:525249/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:507043/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:348218/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:337103/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:315137/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:279689/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:247366/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:208816/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:136598/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:1093387/57‑1 (MQ=255) gCAGTGGAAGGCAACC‑CCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:352223/56‑1 (MQ=255) gCAGTAGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:1047240/57‑1 (MQ=255)  cAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:1130994/56‑1 (MQ=255)              aCCGCCACCAGGATGATTACGGTTCTGGTCTTGGGATGGCCGaa  <  1:141154/44‑1 (MQ=255)                                                         | GCAGTGGAAGGCAACCGCCACCAGGATGATTACGGTTCAGGTCTTGGGATGGCCGAA  >  minE/1189565‑1189621

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑