Missing coverage evidence...
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CTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGTT  >  minE/1203627‑1203687                                                             | cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:688527/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:466321/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:469280/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:475869/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:485145/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:636399/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:64544/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:659771/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:661321/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:669792/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:683544/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:432779/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:691794/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:742186/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:75821/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:758892/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:876522/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:905614/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:927428/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:962650/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:974303/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:125016/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:1009647/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:1032188/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:1053150/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:1149247/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:1168386/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:1172780/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:1179664/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:1185480/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:1199316/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:1201055/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:100403/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:148853/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:177088/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:20213/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:228656/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:264209/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:316293/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:351491/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:353954/1‑61 (MQ=255) cTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGtt  >  1:429495/1‑61 (MQ=255)                                                             | CTTGAAACATTACGTCCTGACGTGCTGAAAATTGATAAGTCATTTACCGCAGCTATAGGTT  >  minE/1203627‑1203687

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑