Missing coverage evidence...
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ACACGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACT  >  minE/1230393‑1230453                                                             | acacGCAAGCTCAATGTGCAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:127058/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACTGCGCGTTGTATGACt  >  1:397365/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCTCGCGTTGTATGACt  >  1:378331/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:725605/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:547881/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:553031/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:567053/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:589685/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:590935/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:660860/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:665411/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:686177/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:695031/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:714008/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:524865/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:727251/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:732831/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:737259/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:787419/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:853583/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:871150/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:914041/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:920083/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:970206/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:979532/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:256741/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:1087819/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:1104940/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:1117252/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:1125017/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:1139143/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:1148159/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:139818/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:16848/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:185887/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:192138/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:542680/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:25896/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:290667/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:349638/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:401402/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:407699/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:453493/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:473894/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:498312/1‑61 (MQ=255) acacGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACt  >  1:1040057/1‑61 (MQ=255)                                                             | ACACGCAAGCTCAATGTACAGACGCCGCCGGGCCTGCATCATCACCGCGCGTTGTATGACT  >  minE/1230393‑1230453

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑