Missing coverage evidence...
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CTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAT  >  minE/1246241‑1246302                                                              | cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTTTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:940763/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:468843/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:836434/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:82711/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:823787/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:822666/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:776472/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:752048/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:895201/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:903542/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:608088/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:57384/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:560982/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:518563/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:498536/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:18283/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:960248/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:1046516/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:1055742/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:1057563/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:1125937/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:1179069/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:1193958/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:423054/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:224274/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:235887/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:300934/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:380596/62‑1 (MQ=255) cTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:394589/62‑1 (MQ=255)  ttCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:885962/61‑1 (MQ=255)  ttCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:922856/61‑1 (MQ=255)  ttCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:1018794/61‑1 (MQ=255)   tCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAATTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:767630/60‑1 (MQ=255)       tctcCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:732550/56‑1 (MQ=255)          ccGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:101534/53‑1 (MQ=255)           cGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:52061/52‑1 (MQ=255)                       aaCGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:707492/40‑1 (MQ=255)                           aCTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAt  <  1:282867/36‑1 (MQ=255)                                                              | CTTCCATCTCCGGGCCAACCCAAACGACTAAGTCCGCGTTCTGTAAGCGTTTTACATCCGAT  >  minE/1246241‑1246302

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑