Missing coverage evidence...
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CTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTT  >  minE/1347105‑1347166                                                              | cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTGCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:88982/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:730048/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:475824/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:50618/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:538419/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:545560/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:548040/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:616749/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:624277/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:649067/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:652928/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:692075/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:486710/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:794247/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:796285/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:842613/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:954698/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:965905/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:966201/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:968351/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:991045/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:999971/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:186277/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:1026810/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:1033791/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:104537/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:1132167/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:1191638/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:1203387/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:142299/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:454356/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:213671/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:28625/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:444508/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:429687/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:380130/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:222881/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:2829/62‑1 (MQ=255) cTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:24111/62‑1 (MQ=255)  tggttgCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:343981/61‑1 (MQ=255)  tggtggCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:755649/61‑1 (MQ=255)  tggtggCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:16555/61‑1 (MQ=255)  tggtggCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:18169/61‑1 (MQ=255)  tggtggCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:137729/61‑1 (MQ=255)  tggtggCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:511390/61‑1 (MQ=255)  tggtggCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:1088542/61‑1 (MQ=255)       gCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:654729/56‑1 (MQ=255)                       tCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTTGttt  <  1:73228/40‑1 (MQ=255)                           cATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGttt  <  1:1016657/36‑1 (MQ=255)                                                              | CTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTT  >  minE/1347105‑1347166

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑