Missing coverage evidence...
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GCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAC  >  minE/1516849‑1516909                                                             | gCCCGTCCAGCATCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:1022257/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCTTGCCCAc  <  1:275064/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:664224/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:45109/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:503346/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:556785/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:573841/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:589964/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:599796/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:610560/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:632541/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:1022134/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:677095/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:682524/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:799336/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:845454/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:892406/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:903770/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:938166/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:360694/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:1018849/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:104128/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:124993/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:187948/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:251240/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:254152/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:294701/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:307555/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:31221/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:338593/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:346654/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:354465/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:356163/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:376287/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGGGCCCAc  <  1:1103088/61‑1 (MQ=255) gCCCGTCCAGCAGACCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:180898/61‑1 (MQ=255)  cccGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAc  <  1:959989/60‑1 (MQ=255)                                                             | GCCCGTCCAGCAGCCCTGGAAGTACAATCACCCCCAGCGCCACCAGCACGATCGTGCCCAC  >  minE/1516849‑1516909

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑