Missing coverage evidence...
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GTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAT  >  minE/1538400‑1538461                                                              | gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGCCCTGGCTGCTGTCCGGCCCACTGCCAt  <  1:558840/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:822162/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:1010266/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:57132/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:577992/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:582423/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:584914/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:696844/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:707275/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:734688/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:763511/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:544631/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:866740/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:866814/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:866878/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:893169/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:903371/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:904097/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:923521/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:94467/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:945650/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:99155/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:293705/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:1073847/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:1102324/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:1121796/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:1146444/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:1169289/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:11958/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:217157/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:228299/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:537385/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:300059/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:329473/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:379719/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:451862/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:467357/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:481890/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:485440/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:491191/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:495988/62‑1 (MQ=255) gTGAGTCGCGTCATCAACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:502503/62‑1 (MQ=255)  tGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:649175/61‑1 (MQ=255)  tGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:169763/61‑1 (MQ=255)             aTCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:922076/50‑1 (MQ=255)                        tAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAt  <  1:145511/39‑1 (MQ=255)                                                              | GTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCAT  >  minE/1538400‑1538461

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑