Missing coverage evidence...
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CCGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTCC  >  minE/1544312‑1544373                                                              | ccGCCTTCAGGGTTTTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:744647/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:689006/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:453081/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:505720/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:514756/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:530051/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:613337/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:627746/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:629719/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:647121/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:65850/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:443562/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:701811/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:716512/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:722185/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:73855/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:869707/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:882132/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:894105/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:990436/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:225487/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:1014386/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:1040171/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:1043182/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:1075313/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:1118676/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:1131325/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:1186220/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:145255/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:224968/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:1011921/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:232117/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:260830/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:304965/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:337712/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:340213/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:367103/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:3900/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:427961/62‑1 (MQ=255) ccGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTcc  <  1:428673/62‑1 (MQ=255)                                                              | CCGCCTTCAGGGTATTCATTTTCTCACCCGGTACGTCGATGGTGATAACGGCAATGTTGTCC  >  minE/1544312‑1544373

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑