Missing coverage evidence...
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GGGTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCTT  >  minE/1555233‑1555294                                                              | gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:687952/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:507344/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:51833/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:527169/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:560314/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:614446/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:626942/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:647555/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:681520/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:682430/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:460020/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:695245/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:727906/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:747503/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:821091/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:879037/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:884369/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:955614/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:970194/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:975657/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:1391/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:1044341/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:1087546/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:1087782/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:1108107/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:1110672/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:1169638/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:1179242/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:1194443/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:128146/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:1029281/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:150793/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:166233/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:189084/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:247217/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:300883/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:325785/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:347432/62‑1 (MQ=255) gggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:35016/62‑1 (MQ=255)  ggTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCtt  <  1:877164/61‑1 (MQ=255)     tGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAATCAGTTCtt  <  1:231498/58‑1 (MQ=255)                                                              | GGGTTGCTGACGCTTGATGATGACTACAGCAAACTGCTTTCTCCGGAGTTTAAACAGTTCTT  >  minE/1555233‑1555294

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑