Missing coverage evidence...
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CCGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCCT  >  minE/1582286‑1582345                                                            | ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCTCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:649884/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:797104/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:551863/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:600334/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:637409/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:653035/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:656162/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:662694/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:689706/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:708659/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:713002/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:752065/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:529309/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:805263/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:811826/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:867021/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:869487/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:903731/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:926544/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:929251/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:932743/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:958693/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:977154/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:982415/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:302941/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:1038079/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:1042973/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:1085290/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:1099540/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:111660/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:1149870/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:1166947/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:16786/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:181066/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:268420/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:274573/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:101149/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:31406/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:335886/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:339356/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:35996/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:415698/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:458758/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:480348/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:485551/60‑1 (MQ=255) ccGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:516524/60‑1 (MQ=255)      aaTTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGACAAGCTGCTCct  <  1:363168/55‑1 (MQ=255)                        cAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCct  <  1:337257/37‑1 (MQ=255)                                                            | CCGGGAATTTAAACGCTACCGCCCAGCGCGGGGCACGCGCGACAAAGCCAAGCTGCTCCT  >  minE/1582286‑1582345

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑