Missing coverage evidence...
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GCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCG  >  minE/1636745‑1636806                                                              | gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:814923/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:1009376/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:727245/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:730533/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:73817/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:742485/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:744322/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:776153/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:802341/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:622885/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:82366/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:869259/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:879091/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:902828/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:908630/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:968512/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:97767/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:349810/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:1012138/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:1024533/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:1069275/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:121915/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:164867/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:263233/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:553629/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:354998/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:391872/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:402665/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:43314/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:446478/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:501551/62‑1 (MQ=255) gCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:542586/62‑1 (MQ=255)   tCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:85604/60‑1 (MQ=255)                 cAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCg  <  1:1167720/46‑1 (MQ=255)                                                              | GCTCCACGCCTGCCGTCAGCGTTTACGCCCGATTCTGATGACCTCGCTGGCATTTATCTTCG  >  minE/1636745‑1636806

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑