Missing coverage evidence...
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GCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTCC  >  minE/1653487‑1653547                                                             | gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:434941/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:971201/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:940305/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:938267/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:915260/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:893229/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:850561/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:769135/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:727314/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:659304/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:511484/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:496781/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:1028773/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:424573/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:395456/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:363697/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:345948/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:266870/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:239779/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:198205/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:192226/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:156058/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:1147098/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:1125615/61‑1 (MQ=255) gCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:1122460/61‑1 (MQ=255)  cTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTcc  <  1:675971/60‑1 (MQ=255)                                                             | GCTGATATCTTGCTCACGCATCAGTCCCAGCTTGTGTTTGACGAGTGGGTGTTTGACTTCC  >  minE/1653487‑1653547

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑