Missing coverage evidence...
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AGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGACC  >  minE/1663999‑1664060                                                              | aGGCCTTGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:958276/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGATCGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:1074376/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:620565/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:417883/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:473499/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:514199/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:518620/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:534009/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:548221/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:57733/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:60449/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:607905/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:610432/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:61282/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:339545/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:693082/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:694139/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:797737/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:87195/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:8811/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:888669/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:897967/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:927106/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:980991/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:173049/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:1042702/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:1054487/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:1055188/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:1063183/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:1085214/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:1095865/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:1097171/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:1105748/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:1106121/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:1003951/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:196798/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:204094/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:223667/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:242734/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:287562/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:303427/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:30677/62‑1 (MQ=255) aGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:334164/62‑1 (MQ=255)              ggAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:187337/49‑1 (MQ=255)              ggAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:112173/49‑1 (MQ=255)                     gTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGAcc  <  1:240984/42‑1 (MQ=255)                                                              | AGGCCTGGTCCCGGGAACGGGTGACGGTACAGCATGTCGTACGGCAGGCCCAGCTCCAGACC  >  minE/1663999‑1664060

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑