Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1885248	1885291	44	45 [0]	[0] 11	barA	hybrid sensory histidine kinase, in two‑component regulatory system with UvrY

CGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGA  >  minE/1885187‑1885247                                                             | cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAGGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:996641/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:607074/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:619483/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:1014796/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:63015/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:631835/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:660994/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:721263/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:725354/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:743250/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:793085/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:823281/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:844462/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:846042/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:846064/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:859333/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:879007/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:920588/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:969015/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:995394/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:267710/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:1039415/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:1166755/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:154750/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:158405/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:186006/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:190665/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:227872/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:601553/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:301502/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:334460/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:355968/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:404125/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:416601/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:425403/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:435811/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:441131/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:461893/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:46338/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:467489/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGATGGATATGCTGa  <  1:982345/61‑1 (MQ=255) cGTCGCGGGCAACTAGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:85941/61‑1 (MQ=255) cGTCGCAGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:879362/61‑1 (MQ=255)  gTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:941441/60‑1 (MQ=255)  gTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGa  <  1:943823/60‑1 (MQ=255)                                                             | CGTCGCGGGCAACTCGACAGCCGGGTGGAAGGATTTATGCTCGGCGAGCTGGATATGCTGA  >  minE/1885187‑1885247

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑