Missing coverage evidence...
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CAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGTT  >  minE/157273‑157332 |                                                            cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:642836/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:977663/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:9528/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:899104/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:884359/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:846870/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:837456/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:814713/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:795872/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:772734/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:748524/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:732536/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:72513/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:674881/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:666295/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:656920/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:1010407/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:621729/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:599129/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:578329/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:553374/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:537079/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:450763/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:352570/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:296375/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:251126/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:213917/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:1196617/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:1191565/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:1184996/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:1077475/60‑1 (MQ=255) cAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGtt  <  1:1068620/60‑1 (MQ=255) |                                                            CAGTGACTTAGCCATGTGCAAGTTTCTGCACCAGTGACTCAACCATCAGGCTGGACTGTT  >  minE/157273‑157332

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑