Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1980931	1981052	122	11 [0]	[0] 37	yqgF/yggR	predicted Holliday junction resolvase/predicted transporter

CTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCA  >  minE/1981053‑1981113 |                                                             cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:698417/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:32165/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:328486/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:357594/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:480886/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:496435/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:54770/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:565487/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:590347/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:600154/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:291960/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:713886/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:770272/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:785400/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:788515/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:858199/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:918187/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:954931/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:976681/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:158363/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:1019848/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:1063030/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:1063502/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:1081505/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:1120628/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:112841/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:116657/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:14924/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:1012939/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:192038/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:196151/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:200054/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:210780/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:223960/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:250412/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:25615/61‑1 (MQ=255) cTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCa  <  1:258360/61‑1 (MQ=255) |                                                             CTTTGTAGGCCCGATAAGCTTGCGCATCGGGCATGGCAACGTCACAAACGCCCTTCCCCCA  >  minE/1981053‑1981113

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑