Missing coverage evidence...
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CGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGCCCT  >  minE/2108360‑2108423 |                                                                cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAacac                            >  1:658291/1‑38 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTgg                  >  1:669851/1‑48 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:392395/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:981484/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:975132/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:811499/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:803416/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:800352/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:738902/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:708611/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:699968/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:696768/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:696079/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:550284/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:46945/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:1018303/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:371507/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:334189/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:3246/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:315332/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:286644/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:27048/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:184760/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:180787/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:1794/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:167096/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:151819/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:1180809/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:1118596/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGcc    >  1:1077252/1‑62 (MQ=255) cGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGc     >  1:125754/1‑61 (MQ=255) cGGTGATCCT‑‑CCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGCCCt  >  1:841032/1‑62 (MQ=255) |                                                                CGGTGATCCTCGCCGGAACGCCGGGGACCTTTAAACACATCGCGCTGGAAGAGATCTACGCCCT  >  minE/2108360‑2108423

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑