Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2260559	2260567	9	126 [0]	[0] 46	rpoB	RNA polymerase, beta subunit

TCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTTATA  >  minE/2260568‑2260629 |                                                              tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCCCGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:870900/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATAcgc          >  1:975322/1‑54 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTtata  >  1:139690/1‑62 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:569632/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:56485/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:576637/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:589718/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:591733/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:628119/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:706508/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:724456/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:726172/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:745728/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:821653/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:825136/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:877837/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:877929/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:887613/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:890927/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:894596/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:97001/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:98381/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:990886/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:315560/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:1077627/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:109910/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:1199555/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:1200646/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:12865/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:183170/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:201251/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:256535/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:265853/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:279764/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:305272/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:1026072/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:365888/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:378861/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:395198/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:433939/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:455557/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:482259/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:49330/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:534156/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTta    >  1:550856/1‑60 (MQ=255) tCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATAAGCGCGTta    >  1:722824/1‑60 (MQ=255) |                                                              TCCTTCGGATCGAATTCGAAGTCCAGCCAGGAACCACGGTAAGGGATGATACGCGCGTTATA  >  minE/2260568‑2260629

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑