Missing coverage evidence...
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GTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCA  >  minE/2314329‑2314390 |                                                              gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCCTTGGCGCa  >  1:1025644/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGgcgc   >  1:410232/1‑61 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:580810/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:958935/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:946508/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:876643/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:858513/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:797543/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:790935/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:759660/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:714841/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:659098/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:652540/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:648072/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:616950/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:605312/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:55541/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:53380/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:439001/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:316634/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:283605/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:236960/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:211654/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:207594/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:1168635/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:1138872/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:1124245/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:1108126/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:1050003/1‑62 (MQ=255) gtgtACCACGCGGCCCTTTGACTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCa  >  1:935092/1‑62 (MQ=255) |                                                              GTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCA  >  minE/2314329‑2314390

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑