Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2340640	2340645	6	10 [0]	[1] 48	glnA	glutamine synthetase

ACCGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAT  >  minE/2340645‑2340705  |                                                            aCCGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGGCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:63293/61‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:713605/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:574036/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:579044/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:587267/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:60265/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:62264/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:645302/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:655924/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:660219/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:660955/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:683987/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:567330/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:715702/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:725261/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:744631/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:80971/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:875025/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:933127/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:937797/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:938353/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:950356/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:953935/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:992921/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:299973/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:100758/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:1098279/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:1116661/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:1118619/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:1123018/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:1186627/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:138307/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:201594/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:214231/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:255815/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:26820/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:1006525/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:32322/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:351595/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:390966/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:393843/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:394743/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:406791/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:447625/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:496862/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:527408/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:534382/60‑1 (MQ=255)  ccGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAt  <  1:556692/60‑1 (MQ=255)  |                                                            ACCGATACTAAAGGTAAAGAACAGCACGTCACTATCCCTGCTCATCAGGTGAATGCTGAAT  >  minE/2340645‑2340705

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑