Missing coverage evidence...
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TAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCT  >  minE/2496665‑2496726 |                                                              tAAGAATGGCGATATCCACCAGTTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:545268/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGTTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:83891/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTc                  >  1:11779/1‑46 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTg        >  1:900586/1‑56 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:5045/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:470739/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:522944/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:538098/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:555520/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:570420/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:607321/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:625182/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:755295/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:812473/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:837619/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:84258/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:853084/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:890238/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:893818/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:17938/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:1026544/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:1117580/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:1121220/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:1121338/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:1123367/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:1195095/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:1203368/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:128008/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:1011246/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:196933/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:200341/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:203992/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:234645/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:253054/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:300753/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:355820/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:3595/1‑62 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTCCCAGc   >  1:656648/1‑61 (MQ=255) tAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTCGTTCAGGAGCACTGCCAGCt  >  1:892387/1‑62 (MQ=255) |                                                              TAAGAATGGCGATATCCACCAGGTTCATACGCGTCTCCTGTGGTTCAGGAGCACTGCCAGCT  >  minE/2496665‑2496726

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑