Missing coverage evidence...
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TAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAT  >  minE/2612649‑2612709 |                                                             tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGTGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:511324/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCcatcat  <  1:548263/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:747724/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:557140/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:578695/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:589834/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:597584/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:610564/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:712214/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:724079/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:9667/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:810215/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:819599/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:839741/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:851358/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:861033/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:882047/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:908208/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:910853/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:1076521/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:322403/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:1087913/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:1127328/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:1139645/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:1195869/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:1200741/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:151782/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:220067/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:271239/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:490174/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:38567/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:388668/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:417767/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:426644/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:447456/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:454550/61‑1 (MQ=255) tAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAt  <  1:483092/61‑1 (MQ=255) |                                                             TAAGAGCTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCAT  >  minE/2612649‑2612709

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑