Missing coverage evidence...
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ATCAGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACAACC  >  minE/2679425‑2679486 |                                                              atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:797478/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:1009726/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:649748/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:651006/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:665806/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:701190/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:733266/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:745550/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:765293/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:768710/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:621051/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:825368/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:873452/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:897239/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:90470/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:925180/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:932315/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:940472/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:961125/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:97188/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:225203/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:1024966/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:1051742/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:1060456/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:1077415/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:116409/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:1173742/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:13222/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:158017/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:194533/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:53114/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:231331/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:283554/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:310062/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:319308/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:394712/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:405727/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:44621/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:52232/62‑1 (MQ=255) atcaGACGTTAACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACaacc  <  1:649363/62‑1 (MQ=255) |                                                              ATCAGACGTTCACGCGGTGCATCAAGCGTACGTGCACCCATTACCGACGGTACGTTACAACC  >  minE/2679425‑2679486

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑