Missing coverage evidence...
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TCGGGGGCTGGCAAATCCACTTACCGTGACACGCTACCATTCGCTGGTGGTGGAA  >  minE/2717886‑2717940        |                                                tCGGGGGCTGGCAAATCCACTTACCGTGACACGCTACCATTCGCtggt         <  1:1037142/48‑1 (MQ=255)        cTGGCAAATCCACTTACCGTGAGACGCTACCATTCGCTGGTGGTGGaa  >  1:457845/1‑48 (MQ=255)        cTGGCAAATCCACTTACCGTGACACGCTACCATTCGc             >  1:211042/1‑37 (MQ=255)        cTGGCAAATCCACTTACCGTGACACGCTACCATTCGCtggtg        >  1:792091/1‑42 (MQ=255)        cTGGCAAATCCACTTACCGTGACACGCTACCATTCGCtgg          >  1:201076/1‑40 (MQ=255)        cTGGCAAATCCACTTACCGTGACACGCTACCATTCGCt            >  1:129627/1‑38 (MQ=255)        cTGGCAAATCCACTTACCGTGACACGCTACCATTCGCTGGTGGTGGaa  >  1:633199/1‑48 (MQ=255)        cTGGCAAATCCACTTACCGTGACACGCTACCATTCGCTGGTGGTGGaa  >  1:765610/1‑48 (MQ=255)        cTGGCAAATCCACTTACCGTGACACGCTACCATTCGCTGGTGGTGGaa  >  1:745043/1‑48 (MQ=255)        cTGGCAAATCCACTTACCGTGACACGCTACCATTCGCTGGTGGTGGaa  >  1:738876/1‑48 (MQ=255) 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       |                                                TCGGGGGCTGGCAAATCCACTTACCGTGACACGCTACCATTCGCTGGTGGTGGAA  >  minE/2717886‑2717940

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑