Missing coverage evidence...
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TGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTGGGG  >  minE/2748110‑2748170 |                                                             tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTTCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:1038270/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTg                      >  1:199507/1‑41 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCttt           >  1:957940/1‑52 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCttt           >  1:214501/1‑52 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGctct      >  1:285510/1‑57 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:543840/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:433512/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:596822/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:637196/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:754752/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:796335/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:806133/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:870442/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:885048/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:898368/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:941537/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:941667/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:98608/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:513638/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:489105/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:1013851/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:429047/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:427623/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:258855/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:181842/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:153679/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:119997/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:1172060/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:1163815/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTgggg  >  1:1021172/1‑61 (MQ=255) tGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTggg   >  1:152362/1‑60 (MQ=255) |                                                             TGAGATGTTTAACATGTTCTCTGGTGGTGCTCTCAGCCGTGCTTCTATCTTTGCTCTGGGG  >  minE/2748110‑2748170

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑