Missing coverage evidence...
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TTACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGACC  >  minE/2846712‑2846771 |                                                            ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:462175/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:969123/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:964763/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:851995/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:794994/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:786840/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:757631/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:754284/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:712748/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:70090/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:656769/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:585039/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:573214/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:554444/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:506457/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:479520/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:10113/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:425578/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:376831/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:341160/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:326348/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:305793/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:303780/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:297067/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:282876/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:118699/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:1164600/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:1128410/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:1112452/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:10926/60‑1 (MQ=255) ttACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:1086476/60‑1 (MQ=255) ttACCTGGTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGAcc  <  1:228700/60‑1 (MQ=255) |                                                            TTACCTGTTCCTCGCGCTGGCTTTCCCGTTCTTTAAAGCACGTCAGGATCTCGACAGACC  >  minE/2846712‑2846771

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑