Missing coverage evidence...
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CAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCCTGCCTGC  >  minE/2912865‑2912916 |                                                    cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:830720/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:529542/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:582334/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:609558/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:646712/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:647126/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:742418/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:769359/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:813554/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:828065/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:496615/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:841549/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:858915/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:876734/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:915337/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:917127/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:919894/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:920233/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:952371/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:248773/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:10560/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:1085883/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:1143144/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:1178411/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:1199180/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:153982/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:168836/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:173348/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:226367/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:101232/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:259647/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:341061/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:345739/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:420664/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:471722/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:472323/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:474559/52‑1 (MQ=255) cAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCctgcctgc  <  1:494326/52‑1 (MQ=255) |                                                    CAGAACCAGTGCCAGTAACGCCTGGCGAGCGAAAATCCCGTTGCCTGCCTGC  >  minE/2912865‑2912916

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑