Missing coverage evidence...
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TATTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTG  >  minE/2946650‑2946710 |                                                             tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:1071977/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:894072/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:831418/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:830755/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:829637/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:816654/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:815580/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:808824/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:787800/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:781325/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:744889/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:728787/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:696346/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:574241/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:563950/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:554547/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:51730/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:493842/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:461117/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:359774/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:291837/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:273280/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:256130/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:247467/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:226662/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:220725/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:207604/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:202821/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:127153/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:1088778/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:101970/61‑1 (MQ=255) tatTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGAGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTg  <  1:929599/61‑1 (MQ=255) |                                                             TATTACTGTTGGTCAGCATCCCGGTTGGGCGTTTGGAAGAAGAGCGGCGATCGACGATCTG  >  minE/2946650‑2946710

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑