Missing coverage evidence...
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TGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGT  >  minE/302306‑302366 |                                                             tGGTCGGCGTGATGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:123095/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTggcggc                   >  1:422690/1‑44 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTggcggc                   >  1:125489/1‑44 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCgggg   >  1:744201/1‑58 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCgg     >  1:389082/1‑58 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCg   >  1:102603/1‑60 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCg   >  1:712077/1‑60 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCg   >  1:669348/1‑60 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCg   >  1:35025/1‑60 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCg   >  1:324331/1‑60 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCg   >  1:274082/1‑60 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCg   >  1:807198/1‑60 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCg   >  1:1008866/1‑60 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:910414/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:791303/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:783045/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:941639/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:729442/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:973546/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:702103/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:701137/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:695163/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:555696/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:520035/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:436556/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:1167702/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:108859/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:107864/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:1070478/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGCGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:753617/1‑61 (MQ=255) tGGTCGGCGCGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGt  >  1:681723/1‑61 (MQ=255) |                                                             TGGTCGGCGTGACGCCAGCCTGCGGCTACATTGGGGTTGGCGGCGCGTTGATTATCGGCGT  >  minE/302306‑302366

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑