Missing coverage evidence...
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CAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTGG  >  minE/378730‑378791 |                                                              cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:473685/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:970282/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:941140/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:940894/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:900397/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:844426/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:81928/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:797746/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:724604/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:710380/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:706713/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:576794/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:570883/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:543076/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:1023392/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:468791/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:438779/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:437447/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:363885/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:3094/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:141113/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:1163527/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:1135567/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:1115035/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:1100351/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:1074991/62‑1 (MQ=255) cAGCGTAAAGCCGAGTTGTTACAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTgg  <  1:140149/62‑1 (MQ=255) |                                                              CAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTGG  >  minE/378730‑378791

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑