Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	540518	540931	414	21 [0]	[0] 65	rhtA	threonine and homoserine efflux system

GCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTGG  >  minE/540932‑540978 |                                               gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:800134/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1032037/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:46362/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:470730/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:534438/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:582980/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:618933/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:688372/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:71939/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:725072/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:728363/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:731163/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:776692/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:786253/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:794789/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:796197/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:454067/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:80676/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:819062/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:822391/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:831503/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:832799/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:835002/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:853779/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:858935/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:86594/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:869441/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:885460/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:886348/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:890992/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:909965/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:91414/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1110588/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1190463/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1149495/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1147405/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1134801/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1127901/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1116915/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1116184/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1111013/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1199514/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1099011/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1096712/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1068885/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1062569/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1059002/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1050921/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1049744/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:450716/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:1199661/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:136521/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:181252/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:208596/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:209227/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:253574/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:302717/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:310915/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:320282/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:324260/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:329466/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:409848/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:424360/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACCATTgg  <  1:616754/47‑1 (MQ=255) gCTCCACCCTGAATAGACGCAATGGCAACGAGCAATATGACTATTgg  <  1:59270/47‑1 (MQ=255) |                                               GCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTGG  >  minE/540932‑540978

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑