Missing coverage evidence...
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CGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTGG  >  minE/23588‑23648 |                                                             cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCt    >  1:809690/1‑59 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:262068/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:92306/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:812501/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:799363/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:780980/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:780721/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:775103/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:705857/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:648619/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:571992/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:567481/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:511681/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:477415/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:293280/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:1027663/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:248388/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:233662/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:232475/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:224352/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:216817/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:194851/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:1192592/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:1175216/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:1138036/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:1128266/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:1082330/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:1079783/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:1079024/1‑61 (MQ=255) cGCAACAACGGTAAACAGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTgg  >  1:1066843/1‑61 (MQ=255) |                                                             CGCAACAACGGTAAACCGGCGCTGTTCCGCCTGGGTGATGCTTCTCTTTCTGAAGGGCTGG  >  minE/23588‑23648

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑