Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	661538	661566	29	5 [0]	[0] 41	pyrD	dihydro‑orotate oxidase, FMN‑linked

TTGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGTT  >  minE/661567‑661627 |                                                             ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTTCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:426164/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACg    >  1:897785/1‑59 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:640938/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:457349/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:493236/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:498630/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:508066/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:513574/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:598789/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:625449/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:62883/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:638557/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:96378/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:698769/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:703075/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:722791/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:744346/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:832890/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:895686/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:902377/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:1003759/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:122706/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:1026543/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:104141/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:1094968/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:1115086/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:1116563/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:115173/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:1177821/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:1189906/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:1199826/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:390605/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:176838/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:20374/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:252977/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:2727/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:282491/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:363925/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGt   >  1:287126/1‑60 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCATGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:331161/1‑61 (MQ=255) ttGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCATGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGtt  >  1:484280/1‑61 (MQ=255) |                                                             TTGAAGCACTGGTGCGGCAGAAAGTGCCTGCGAAACCTGTTAACTGCATGGGCCTGACGTT  >  minE/661567‑661627

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑