Missing coverage evidence...
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CAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGG  >  minE/840180‑840233 |                                                      caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:737752/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:335270/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:358818/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:443166/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:454593/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:456147/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:474827/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:525383/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:52590/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:594977/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:666086/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:713354/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:331336/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:742271/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:758963/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:773029/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:804097/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:810364/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:829673/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:88967/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:962286/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:96936/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:979782/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1156155/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1023030/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1023303/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1042584/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1049937/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1051070/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1079312/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1090241/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1128084/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1143860/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:115572/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1016018/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:1181555/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:150416/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:153674/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:187989/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:194389/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:206359/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:20768/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:254434/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:285448/54‑1 (MQ=255) caacaaATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTgg  <  1:309211/54‑1 (MQ=255) |                                                      CAACAAATTCATTGTTCTGTACGATATTTAACTCGTGCTTGTAGCAAATATTGG  >  minE/840180‑840233

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑