Missing coverage evidence...
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GAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTT  >  minE/946857‑946918 |                                                              gagagaTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:973903/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCaataa                           >  1:2756/1‑37 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATAc              >  1:762040/1‑50 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCg           >  1:899302/1‑53 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:531483/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:346356/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:39707/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:420957/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:444291/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:446959/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:459666/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:481158/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:485319/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:531034/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:326963/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:622423/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:638240/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:646491/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:740764/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:777678/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:811287/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:999065/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:162803/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:1060933/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:1069929/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:1071806/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:1092800/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:1101433/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:1174724/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:1186092/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:1194036/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:125829/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:1039623/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:201626/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:218918/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:22047/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:223221/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:258745/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:288429/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:289369/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:307130/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:30958/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGtt  >  1:317319/1‑62 (MQ=255) gagaGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGt   >  1:706383/1‑61 (MQ=255) |                                                              GAGAGCTGCAGGCGACGGGAGGCACTTTCACCAATAATTTTTACCGATACCCGTTTGAAGTT  >  minE/946857‑946918

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑