Missing coverage evidence...
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GTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGT  >  minE/1054027‑1054068 |                                          gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCTAAGTGTGCGATCTGt  <  1:537382/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:657378/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:479053/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:486529/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:529956/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:543941/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:549448/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:552418/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:587416/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:591360/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:453281/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:679219/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:680211/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:695983/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:715441/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:75842/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:760724/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:87903/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:881150/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:925967/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:150786/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:1076188/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:1088908/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:1128445/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:1138706/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:1187983/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:1188081/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:122865/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:137662/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:149426/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:104617/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:195505/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:235754/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:262674/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:271795/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:305792/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:322914/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:38727/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:398429/42‑1 (MQ=255) gTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGt  <  1:451852/42‑1 (MQ=255) |                                          GTTGCCTGACAGTAAAACTCTCTGCCGAAGTGTGCGATCTGT  >  minE/1054027‑1054068

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑