Missing coverage evidence...
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AAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGA  >  minE/1068642‑1068703 |                                                              aaGTCTGGTAGTTTCCTTGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:101494/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:463462/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:979482/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:97868/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:971199/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:965475/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:954105/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:901156/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:874147/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:836894/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:835168/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:828174/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:749299/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:707926/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:665410/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:522654/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:4949/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:452857/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:398190/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:357565/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:313681/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:290010/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:133957/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:1200810/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:1148207/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:1094416/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:1049010/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:1046550/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGa  <  1:1042633/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCATGa  <  1:356470/62‑1 (MQ=255) aaGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACAAGCGTGa  <  1:1164488/62‑1 (MQ=255) |                                                              AAGTCTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGA  >  minE/1068642‑1068703

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑